Первый храм в городе, освященный в честь св. князей-страстотерпцев Бориса и Глеба. Находился в юж. части городской крепости (др. названия: «святую мученику Бориса и Глеба в граде», «церковь Бориса и Глеба в Околотке»). Летописцы считали, что Б. ц. стояла на месте деревянного здания собора св. Софии 989 г., сгоревшего, по сообщению Новгородской первой летописи, в 1049 г. («а ту стояла святая Софея конець Пискуплей улице, идеже ныне поставил Сотьке церковь камену святого Бориса и Глеба над Волховом» - НПЛ. С. 181).
В 1146 г. была построена первая деревянная Б. ц., в 1167-1173 гг. перестроена в камне новгородцем Сотком Сытиничем, известным как прообраз былинного Садко. О богатстве и красоте храма упоминается при описании пожара 1262 г.: «Сгоре от грома церкы святого мученика Бориса и Глеба; горазда бо бяше и лепа» (НПЛ. С. 83).
Тесную связь истории Б. ц. со сложением в XIII-XV вв. местной традиции почитания князей Бориса и Глеба как воинов и заступников новгородской независимости проследил В. Л. Янин. По его мнению, Б. ц. приобрела особый статус в структуре церковной и городской организации: она была вечевым храмом Людина и Загородного концов и аристократической Прусской ул., а в XIV в. обрела значение второго (после Софийского собора) центрального храма города. В 1300 г. здесь «знаменали» (т. е. рукополагали) нового архиеп. Феоктиста, к-рый был поставлен затем в Св. Софии в присутствии митр. Максима, епископов Симеона Ростовского и Андрея Тверского (единственный случай в истории Новгорода). В нач. XIV в. храм рухнул, и в 1302 г. было начато его восстановление (НПЛ. С. 331). На поновление храма расходовались общегородские средства, добытые войной, как в 1350 г. («поновиша церковь камену святых Бориса и Глеба Ореховскым серебром в [о]колотке» - ПСРЛ. Т. 4. Вып. 1. С. 280). Церковь горела в 1405 г. и была отстроена владыкой Евфимием II в 1441 г. «на старой основе», «и быша ему пособьници новъгородци» (НПЛ. С. 421). Полностью была разобрана во 2-й пол. XVII в.
В наст. время место древнего храма определяется по ц. св. Андрея Стратилата, к-рая в кон. XVI в. была приделом Б. ц. и под стенами к-рой находятся остатки юго-зап. лестничной башни. Облик Б. ц. известен по рисункам XVII в. и данным раскопок, проведенных А. А. Строковым и В. А. Богусевичем в 1940 г. (материалы этих работ считались утраченными, но обнаружены в городском архиве Вел. Новгорода) и М. К. Каргером в 1969 г. Здание не уступало по размерам Георгиевскому собору Юрьева мон-ря, представляло собой 6-столпную церковь, имело 3 апсиды и прямоугольную лестничную башню, примыкавшую к юго-зап. углу. Наружные стены были расчленены лопатками с сильным выносом. В технике кладки сохранялись визант. элементы: деревянные лежни-субструкции под основанием, ленточные фундаменты и раствор с добавлением цемянки. Раскопки показали, что храм был расписан фресками, его стены украшало множество вкладных каменных крестов; внутри и снаружи было открыто множество погребений, в алтаре - остатки епископского седалища и горнего места.